К чему нам кавычки,
Грамматик странички?
Творец языка —
Сам великий народ.
Вы чешете яйца.
Глотая яички..
Не дай бог, поступите
Наоборот!

разница такая же,как и между:
курицей и мужчиной

Если спрашиваете - значит знаете!...

в происхождении  

Смотря что иметь в виду. Если речь о куриных яйцах, то правильно говорить - яйцо, а о смысле слова "яички" спросите у мужу или почитайте соответствующую литературу.

одинаковость в Я(букве)...разность в носителях

Грамматическая-единственное и множественное число.Не надо все яйца в одну корзину.

По - моему,  они  состоят  из  разных  согласных  букв.