В XI веке турки опустошали владения Византии в Малой Азии, сопровождая свои жестокости оскорблением святых храмов, мощей, икон и книг. Они покушались уничтожить мощи святителя Николая, глубоко чтимого всем христианским миром.[источник не указан 142 дня]

По легенде, в 792 году калиф Харун Ар-Рашид послал начальника флота Хумейда опустошить остров Родос. Разграбив остров, Хумейд отправился в Миры Ликийские с намерением взломать и разграбить гробницу святителя Николая. Однако вместо неё он якобы взломал другую, стоявшую рядом с гробницей Святителя, и едва святотатцы успели это сделать, как на море поднялась страшная буря и почти все суда Хумейда были разбиты. Подобное осквернение христианских святынь возмущало не только восточных, но и западных христиан. Особенно опасались за мощи святителя Николая христиане в Италии, среди которых было много греков.

В 1087 году барийские и венецианские купцы отправились в Антиохию. И те и другие предполагали на обратном пути в Италию забрать мощи святителя Николая и привезти их в Италию. В разведку были посланы двое жителей Бари, которые, вернувшись, сообщили, что в городе всё тихо, а в церкви, где находятся мощи, только четверо монахов. Тут же 47 человек, вооружившись, отправились в храм святителя Николая.

Монахи, сторожившие святыню, не подозревая ничего плохого, указали им помост, под которым была скрыта гробница святого. Монах при этом рассказал чужеземцам о видении накануне святителя Николая одному старцу, в котором Святитель просил бережнее хранить его мощи.

Рассказ этот воодушевил жителей Бари, поскольку они увидели для себя в этом явлении как бы указание Святого Николая. Для облегчения своих действий они открыли монахам свои намерения и предложили им выкуп — 300 золотых монет. Монахи гневно отказались от денег и хотели оповестить жителей об угрожавшем им несчастье, однако итальянцы связали их и поставили у дверей своих сторожей.

Жители Бари разбили церковный помост, под которым стояла гробница с мощами, и увидели, что саркофаг наполнен благоуханным святым миром. Соотечественники барийцев, пресвитеры Лупп и Дрого, совершили литию, после которой юноша по имени Матфей стал извлекать из переполненного миром саркофага мощи Святителя. События происходили 20 апреля 1087 года.

Ввиду отсутствия ковчега пресвитер Дрого завернул мощи в верхнюю одежду и в сопровождении барийцев перенёс их на корабль. Освобождённые монахи сообщили городу печальную весть о похищении иностранцами мощей Чудотворца. Толпы народа собрались на берегу, но было поздно…

8 мая корабли прибыли в Бари, и скоро радостная весть облетела весь город. На следующий день, 9 мая, мощи святителя Николая торжественно перенесли в церковь святого Стефана, находившуюся неподалеку от моря. Торжество перенесения святыни сопровождалось многочисленными чудотворными исцелениями больных, что возбуждало ещё большее благоговение к великому угоднику Божию. Через год была построена церковь во имя святителя Николая и освящена папой Урбаном II[17].

В настоящее время мощи Николая Чудотворца хранятся в базилике Святого Николая в Бари. Там же, в Бари, находится православная Церковь Николая Чудотворца. Часть мощей до сих пор хранится в Турции в храме святого Николая, так как все мощи похитить не успели.

Моряки из Бари забрали только половину мощей святителя, оставив все мелкие фрагменты в могиле. Они были собраны венецианскими моряками во время первого крестового похода и доставлены в Венецию, где была построена церковь святого Николая — покровителя моряков. Подлинность мощей была подтверждена в двух научных исследованиях в Бари и Венеции, которые доказали, что мощи в двух городах принадлежат к одному скелету.[18][19]