Одна из самых таинственных загадок последних трех веков до сих пор не разгадана и является поводом для споров и предположений. На сегодняшний день специалисты рассматривают, как минимум, 140 причин скоропостижной смерти Моцарта. Среди их авторов есть историки, литераторы, медики, криминалисты и даже микробиологи.
"Отравление" - самая ранняя гипотеза, возникшая в том же 1791 году, когда композитор скончался. Особое внимание исследователей обращено на ужин у Сальери, который произошел за три недели до смерти Моцарта. Вот как он представлен в рассказе Констанции, жены Моцарта: "Сальери приготовил ужин сам, но почти ни к одному блюду не прикоснулся, а только уговаривал Моцарта всего отведать. По возвращению через два часа Вольфгангу стало плохо".
Именно эту гипотезу Пушкин положил в основу своей "маленькой трагедии" "Моцарт и Сальери", гениальные иллюстрации к которой написал Врубель, а композитор Римский-Корсаков в 1897 превратил пьесу в оперу.Об отравлении, как о вероятной причине смерти Моцарта, 12 декабря 1791 года сообщил берлинский "Музыкальный еженедельник". Об этом же говорят записи в "разговорных тетрадях" Бетховена, где друзья записывали диалоги с глухим композитором. В записях 1823 года на вопрос одного из друзей о причинах смерти Моцарта, Бетховен ответил, что существует письменное признание-исповедь Сальери, где тот признается в отравлении Моцарта, после чего, мучимый угрызениями совести, перерезает бритвой горло, пытаясь покончить с собой. Однако текст исповеди Сальери, на которой он якобы признался в преступлении, найден не был. Опровергал эту версию и сын Моцарта Карл Томас, и специально расследовавший обстоятельства смерти композитора доктор права Карпани.
Изучив переписку композитора и фармакологический контекст эпохи, в которой он жил, французские музыковед Мишель Лопито и патологоанатом доктор Франсуа Серутти предположили, что причиной смерти могло стать распространенное в то время лекарство, так называемый "ликер Ван Швитена" – универсальное средство от всего сразу, тем более, что производил его один из близких друзей Моцарта.
В 1863 году это средство было охарактеризовано Франсуа Распаем как яд, а в 1880 году оно было изъято из французских  аптек. "Ликер Ван Швитена" вызывал точно такие же симптомы, описание которых французские исследователи Лопито и Серрути обнаружили в переписке самого Моцарта и его близких.
Американский хирург-ортопед, профессор  Норсвестернского университета Уильям Доусон провел анализ литературы, посвященной последним дням Моцарта, и склонен считать почечную недостаточность наиболее вероятной причиной смерти композитора. Известно, что у композитора была врожденная деформация уха. Некоторые медики также связывают этот дефект с заболеванием почек.
Широкое распространение имеет гипотеза, согласно которой руку к смерти гения приложило некое масонское общество, к которому Моцарт примкнул еще в юности по рекомендации отца – Леопольда Моцарта. Идеи масонства очевидны во многих произведениях Моцарта-младшего, в особенности – в опере "Волшебная флейта", либреттист которой Эмануэль Шиканедер тоже был "вольным каменщиком". Наделенные тайными знаниями авторы написали произведение, буквально сотканное из мистической символики и масонских ритуалов. Существует предположение, что Моцарт вступил в конфликт с масонским обществом, к которому принадлежал, так как желал совсем иного устройства общества, отличного от того, что предлагало масонство.  В подтверждение гипотезы о причастности масонов к заговору против Моцарта служит и тот факт, что они не только не оказали финансовой помощи для погребения композитора, но и не противились тому, чтобы Моцарт был похоронен на кладбище для городских нищих.
Новейшую версию гибели величайшего композитора представил признанный мастер слова, писатель и телеведущий Эдвард Радзинский.По версии Радзинского, Моцарта убил не Сальери, а именно ван Свитен - друг великого композитора и "соратник" по масонской ложе. Если не тело, то душа Моцарта была отравлена в результате сложной, многоходовой интриги барона. Именно он, покровитель Моцарта, всю жизнь ненавидел композитора, именно он надоумил некоего графа заказать Моцарту "Реквием", именно он дал деньги на похороны гения в общей могиле и именно его дневники были найдены в Ленинграде.